Em 1963, a BBC contratou Sydney Newman, produtor canadense ex-diretor da ABC para ser seu diretor do departamento de drama, no lugar de Michael Barry que havia se demitido por não concordar com os novos rumos artísticos da BBC. Com sua contratação, a BBC pretendia trazer de volta o público perdido para a ITV, produzindo assim programas com apelo mais popular, mas mantendo o perfil de conteúdo da BBC.
Newman desenvolveu então a série Doctor Who que ocuparia um espaço na programação das tardes de sábado. Junto aos roteiristas Cecil Edwin Webber e Donald Wilson, eles imaginaram um programa que mostrasse aventuras de ficção, mas que ao mesmo tempo educassem jovens com aulas de história e ciências.
Para a produção, Newman chamou Verity Lambert, a primeira produtora mulher do departamento dramático da BBC. Na direção dos primeiros episódios teríamos o diretor anglo-indiano Waris Hussein e para o papel principal foi escolhido o ator William Hartnell, que na época estava com 55 anos e era mais conhecido por interpretar personagens durões no cinema. Era uma série nova com uma combinação improvável e proposta inovadora, mas com orçamento apertado, custos altos e enfrentando problemas desde seu lançamento no dia 23 de novembro de 1963, um dia após a morte de John F. Kennedy (teve que ser reprisada para que o público pudesse dar atenção a aventura). Tudo parecia dizer que Doctor Who não iria emplacar, mas quatro semanas após seu lançamento, em seu segundo arco, "The Daleks", a audiência subiria vertiginosamente, chegando a 9 milhões de telespectadores!
Chegando em sua terceira temporada, Verity Lambert deixou a equipe de produção para seguir com sua carreira, sendo substituída por John Wiles que queria trazer um perfil mais adulto para a série. Hartnell criou resistência a essas mudanças, pois queria manter o perfil mais infantil. Wiles pediu demissão e em seu lugar veio o produtor Innes Lloyd. Nessa época, com arteriosclerose e dificuldade de decorar suas falas, Hartnell passou a ter seus problemas de saúde mais agravados, o que levou a BBC a procurar uma saída. Foi Lloyd quem apresentou a solução: por ser alienígena, o Doutor teria a capacidade de se "renovar". O Doutor passaria por uma regeneração que o transformaria por completo e assim seria substituído por outro ator (Patrick Troughton), iniciando um novo ciclo com um segundo Doutor.
Arcos do primeiro Doutor (1963 – 1966)
001 An Unearthly Child
002 The Daleks
003 The Edge of Destruction
004 Marco Polo
005 The Keys of Marinus
006 The Aztecs
007 The Sensorites
008 The Reign of Terror
009 Planet of Giants
010 The Dalek Invasion of Earth
011 The Rescue
012 The Romans
013 The Web Planet
014 The Crusade
015 The Space Museum
016 The Chase
017 The Time Meddler
018 Galaxy 4
019 Mission to the Unknown
020 The Myth Makers
021 The Daleks' Master Plan
022 The Massacre of St Bartholomew's Eve
023 The Ark
024 The Celestial Toymaker
025 The Gunfighters
026 The Savages
027 The War Machines
028 The Smugglers
029 The Tenth Planet