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Em 2005 finalmente a BBC retornaria com a série "Doctor Who", agora com Christopher Eccleston interpretando o nono Doutor. Tendo o oitavo Doutor de Paul McGann participado da Última Grande Guerra Temporal, o nono Doutor teria essa bagagem emocional e não poderia fazer o estilo galante de McGann. Este seria um Doutor menos excêntrico, mais taciturno, mas sem perder certas características do personagem, especialmente sua energia. Ou seja, havia a preocupação da equipe de produção e na interpretação de Eccleston para que o nono Doutor fosse intencionalmente diferente de seus antecessores.

Entre suas características estavam o seu humor mais sombrio, porém interessante e suas roupas mais simples e sem detalhes insólitos. Uma jaqueta preta ou escura e uma camisa vermelha, verde, azul-marinho ou preta, além de calças escuras e botas pretas.


Parte da adaptação ao século 21, foi sua nova companheira, Rose Tyler, interpretada por Billie Piper, que foi pensada para ser tão independente e corajosa como o próprio Doutor. Seria introduzido também o personagem Jack Harkness, interpretado por John Barrowman, um agente do tempo do século 51. O Doutor, Rose e Jack chegam a formar uma equipe, mas que se separa ao final da temporada. John Barrowman com seu personagem Jack lideraria o elenco do spin-off  Torchwood em 2006 e ainda participaria de outras aventuras com o décimo Doutor, David Tennant.



Uma característica marcante introduzida por Eccleston ao personagem foi a de exclamar "fantastic!", o que foi imitado, cada um a sua maneira, pelos seus sucessores David  Tennant, o décimo Doutor e  Matt Smith, o décimo primeiro Doutor.



As declarações que a BBC deu para sua saída foram de que ele estaria exausto e que não queria ficar marcado pelo papel, mas foram desmentidas pelo ator. Em seu recente livro autobiográfico, Eccleston revelou que, durante o personagem, ele travava uma luta pessoal contra a anorexia e afirmou que apesar das pessoas amarem seu visual na série, ele estava doente. Embora a recompensa que teve na doença foi poder exercer o papel do Doutor. O fato é que Eccleston não mais retornou ao personagem, nem mesmo em áudio dramas, e nem no especial de 50 anos da série, quando pretendia-se incialmente que fosse mostrada a regeneração do oitavo Doutor para o seu.