Em 2005 finalmente a BBC retornaria com a série "Doctor Who", agora com Christopher Eccleston interpretando o nono Doutor. Tendo o oitavo Doutor de Paul McGann participado da Última Grande Guerra Temporal, o nono Doutor teria essa bagagem emocional e não poderia fazer o estilo galante de McGann. Este seria um Doutor menos excêntrico, mais taciturno, mas sem perder certas características do personagem, especialmente sua energia. Ou seja, havia a preocupação da equipe de produção e na interpretação de Eccleston para que o nono Doutor fosse intencionalmente diferente de seus antecessores.
Entre suas características estavam o seu humor mais sombrio, porém interessante e suas roupas mais simples e sem detalhes insólitos. Uma jaqueta preta ou escura e uma camisa vermelha, verde, azul-marinho ou preta, além de calças escuras e botas pretas.
Parte da adaptação ao século 21, foi sua nova companheira, Rose Tyler, interpretada por Billie Piper, que foi pensada para ser tão independente e corajosa como o próprio Doutor. Seria introduzido também o personagem Jack Harkness, interpretado por John Barrowman, um agente do tempo do século 51. O Doutor, Rose e Jack chegam a formar uma equipe, mas que se separa ao final da temporada. John Barrowman com seu personagem Jack lideraria o elenco do spin-off Torchwood em 2006 e ainda participaria de outras aventuras com o décimo Doutor, David Tennant.
Uma característica marcante introduzida por Eccleston ao personagem foi a de exclamar "fantastic!", o que foi imitado, cada um a sua maneira, pelos seus sucessores David Tennant, o décimo Doutor e Matt Smith, o décimo primeiro Doutor.
As declarações que a BBC deu para sua saída foram de que ele estaria exausto e que não queria ficar marcado pelo papel, mas foram desmentidas pelo ator. Em seu recente livro autobiográfico, Eccleston revelou que, durante o personagem, ele travava uma luta pessoal contra a anorexia e afirmou que apesar das pessoas amarem seu visual na série, ele estava doente. Embora a recompensa que teve na doença foi poder exercer o papel do Doutor. O fato é que Eccleston não mais retornou ao personagem, nem mesmo em áudio dramas, e nem no especial de 50 anos da série, quando pretendia-se incialmente que fosse mostrada a regeneração do oitavo Doutor para o seu.
Ecleston trouxe um novo Doutor atualizado para o nosso tempo e terminou sua única, porém importante temporada, consolidando a base para seu substituto David Tennant, o décimo Doutor.
Temporada do nono Doutor
Rose
"O Fim do Mundo" (The End of the World)
"Os Mortos Inquietos" (The Unquiet Dead)
"Os Aliens de Londres" (Aliens of London)
"Terceira Guerra Mundial" (World War Three)
Dalek
"O Jogo Longo" (The Long Game)
"Dia dos Pais" (Father's Day)
"A Criança Vazia" (The Empty Child)
"O Doutor Dança" (The Doctor Dances)
"Cidade Explosiva" (Boom Town)
"Lobo Mau" (Bad Wolf)
"A Separação dos Caminhos" (*The Parting of the Ways)
Rose
"O Fim do Mundo" (The End of the World)
"Os Mortos Inquietos" (The Unquiet Dead)
"Os Aliens de Londres" (Aliens of London)
"Terceira Guerra Mundial" (World War Three)
Dalek
"O Jogo Longo" (The Long Game)
"Dia dos Pais" (Father's Day)
"A Criança Vazia" (The Empty Child)
"O Doutor Dança" (The Doctor Dances)
"Cidade Explosiva" (Boom Town)
"Lobo Mau" (Bad Wolf)
"A Separação dos Caminhos" (*The Parting of the Ways)
